Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI) adalah badan atau lembaga yang diangkat oleh Ketua Sekolah Tinggi Teologi  Transformasi Indonesia yang bertugas mengawasi dan membina mutu akademik di STT Transformasi Indonesia Manado. Dalam melaksanakan tugas  kegiatan  sistem  penjaminan mutu pendidikan tinggi di STT Transformasi Indonesia secara otonom untuk mengendalikan dan meningkatkan kualitas  penyelenggaraan pendidikan tinggi yang berkelanjutan hal itu dilakukan oleh Lembaga Penjaminan Mutu Internal Lembaga Penjaminan Mutu Internal bertugas  untuk memberikan penjaminan mutu kepada seluruh stakholder melalui suatu siklus sistem penjaminan mutu, sehingga  setiap program  studi melaksanakan  tridharma perguruan tinggi yang unggul dan berbudaya akademik. LPMI terdiri dari Ketua dan Sekretaris sebagai pimpinan lembaga dan bidang-bidang.